Fueron dos los hechos relevantes en la transformación que ha tenido Villatina, el primero ocurrido el 27 de septiembre de 1987; un deslizamiento de una de las laderas del Cerro Pan de Azúcar, en el sector entre la carrera 17 y 15 y la calle 56C, una tragedia que generó un abominable desastre que dejó alrededor de 96 familias sin en donde vivir y que además cobró la vida de muchos de sus familiares. Luego de esta tragedia el municipio de Medellín en busca del mejoramiento de las condiciones de vida en Villatina, se realizan diferentes obras como el taponamiento de la quebrada la loca, dándole paso a la construcción de la cancha, entre otras de las obras se destaca la conciliación de las vías de transporte, la dotación de infraestructura en salud, educación, recreación y servicios públicos.
El segundo hecho ocurrido el 15 de noviembre de 1992, una masacre en la que murieron 9 jóvenes, 7 de ellos menores de edad, este fue un acontecimiento que marcó la historia de este barrio, hecho indeleble del recuerdo de los habitantes, que ha trascendido en la historia, seis años después en 1998 el Estado colombiano reconoce públicamente su responsabilidad por los sucesos ocurridos, promoviendo un proceso de resarcimiento a las víctimas y sus familiares, así en la reparación colectiva y en la recuperación de la memoria histórica, el Estado construye el Centro de Salud y mejora la planta física, de en ese entonces la Escuela San Francisco de Asís. En agosto de 2001 la alcaldía de Medellín a través de un proyecto que fue posible gracias al esfuerzo del Gobierno Nacional y a la comunidad organizada de Villatina, en presencia del alcalde de turno Luis Pérez Gutiérrez y del Secretario de Educación y Cultura, Enrique Batista Jiménez inauguran la nueva planta física del colegio San Francisco de Asís y se inaugura también en julio de 2004, un monumento en el parque del periodista en honor a estos jóvenes muertos en Villatina.
La Institución ha vivido al igual que sus habitantes el flagelo de la guerra, es así, como el 29 de septiembre de 2012, asesinan a dos de nuestros estudiantes: Brayan Sebastián Giraldo Muñoz y Yorindel Steven García Zapata, quienes ayudaban en una actividad recreativa, programada por la Secretaría de Gobierno y la Junta de Acción Comunal, con el fin de contribuir a convivencia en la zona. Además, de estas muertes que conmovieron profundamente a la comunidad educativa, sus miembros viven permanentemente la guerra en todas sus formas, por eso el colegio debe propiciar permanentemente espacios para la convivencia la reconciliación y la paz, no solamente en su interior, sino también que los aprendizajes y los procesos de convivencia crucen los muros institucionales y contribuyan a la transformación y al mejoramiento del barrio.
La Institución Educativa San Francisco de Asís inicia en el año 1966 como una partición de la escuela Miguel de Aguinaga, bajo la iniciativa del presidente de la junta de la Fundación Centro Cívico Miguel de Aguinaga, el señor Julio Cuartas, en compañía de sus colaboradores: el señor Marco Londoño y el señor Jorge Giraldo, así la escuela comienza en una casa de familia ubicada en la calle 55 Nº 16–29, cerca de la Iglesia Nuestra Señora de Torcoroma, atendiendo 182 niños a cargo de tres profesores, dos años después se le otorga el nombre de Escuela San Francisco de Asís.
Luego, esta misma Fundación realiza trámites ante el municipio de Medellín para ampliar la escuela, adquiriendo un terreno una cuadra más arriba sobre la calle 17, donde vivían la señora Paulina y el señor Serafín Vásquez; allí se construye la Escuela con una capacidad de seis aulas de clase, una oficina de rectoría, un espacio adecuado para vivienda, seis baños y la tienda escolar.
El primer rector de la Escuela Urbana San Francisco de Asís fue el señor Manuel Arango Guzmán, por un período de 7 años desde 1966 hasta 1972, apoyado por un equipo de 12 docentes, en jornadas de 7:00 a 12:00 en la mañana y de 12.00 A 5.00 en la tarde. En 1970 se completan todos los grados de la Básica Primaria.
Luego, recibe la dirección el señor Leonel Alberto Álvarez Restrepo por un período de 10 años, iniciando en 1973 hasta 1982, atendiendo dos grupos por cada grado y uno más en el grado primero para un total de 456 estudiantes, después en marzo de este mismo año, se retira el rector entregándole al señor Gerardo Carrillo quien estuvo a cargo de la escuela por dos años, 1982 y 1983, para luego entregarle a la señora Aurora Inés Zapata Hincapié quien la dirigió por un período de 21 años desde 1984 hasta marzo de 2006, manteniendo todos los grados de la Básica Primaria la cual fue de carácter masculino hasta el año de 1984 ya que a partir de 1985 se convierte en una escuela mixta. En remplazo de la anterior rectora es nombrada la señora Flor Deisi Agudelo Durango, quien hasta la fecha continua siendo su representante legal, acompañando procesos de formación en pro del beneficio de la comunidad educativa y en general del Barrio Villatina.
En el año de 1994 con la Ley General de Educación, se crea el preescolar y se suma a un total de 12 grupos. Así funcionó desde 1967 hasta el año 2000 cuando se amplía la planta educativa gracias al dinero aportado por el gobierno como reconocimiento de responsabilidad por los lamentables sucesos ocurridos el 15 de noviembre de 1992.
Más tarde, según el Acuerdo Municipal Nº 03 de 1997 se establece que algunos establecimientos se conviertan en colegios. Dos años después por la Resolución Nº 7003 de 1999 se hace legalmente explícita la conversión de Escuela San Francisco de Asís a Colegio San Francisco de Asís, estando bajo la rectoría de la señora Aurora Inés Zapata Hincapié. Posteriormente en la Resolución Nº 0716 de 2004 se autoriza en el artículo segundo a la Institución San Francisco de Asís ofrecer la educación formal en el nivel de educación media académica para los grados 10º y 11º.
Para el año 2001 se aumenta la población y se da inicio al bachillerato con el grado sexto, en el año 2002, comienzan los grados séptimo y octavo, y en año 2003 los grados noveno y décimo. En el año 2004 se aprueba e inicia el grado once y se realiza la primera graduación de bachilleres académicos, convirtiéndose así, el colegio en Institución Educativa mediante el Decreto 16-263 del 27 de noviembre de 2002. Es entonces desde el año 2004 que se vienen celebrando las graduaciones de promociones de estudiantes, obteniendo el título de Bachiller Académico.
En el año 2013 se vislumbra la necesidad de crear una media técnica con el fin de mejorar el nivel académico y el desarrollo de habilidades técnicas y vocacionales para el empleo y el emprendimiento. En el 2014 se aprueba la media técnica en comercio con énfasis en asistencia administrativa mediante la articulación con el SENA. En el 2015 se gradúa la primera promoción de bachilleres técnicos.
En el año 2016 se celebran los 50 años de la fundación de la institución con la presencia de personajes vinculados a la historia institucional, como los maestros Francisco Madrid, pintor antioqueño, autor del tríptico “caminado hacia la esperanza” ubicado en el pasillo del segundo piso, Edgar Gamboa, escultor del monumento “Los niños de Villatina” y el escritor, Luis Fernando Macías, autor, entre otras obras de “Amada está lavando”; son largos años en los que se ha caracterizado la Institución Educativa San Francisco de Asís por forjar caminos de amor, paz y humildad, fortaleciendo los principios filosóficos de “San Francisco de Asís” desde el amor y entrega a los demás, tomándolos como valores franciscanos que garantizan la formación del educando desde una perspectiva fraternal y justicia social, ofreciendo una educación que busca la verdad a través del análisis crítico, procurando: “DAR, ANTES QUE RECIBIR”, contribuyendo así en la búsqueda de la concienciación por el cuidado del medio ambiente, para generar perspectivas de desarrollo sostenible y armónico con la naturaleza y a su vez reconocer el respeto por el otro y las capacidades que posee para proyectarse en la sociedad, con el propósito principal de brindar una educación de calidad, orientando en dichos valores para la formación integral de los jóvenes de la comunidad del barrio Villatina.
Es importante anotar que para preservar la historia institucional, se lleva registro en el “Libro historial de la institución”, en el cual, de acuerdo con la Guía de libros y registros reglamentarios, de la Secretaría de Educación de Medellín, 2009, “(…) se consignan en orden cronológico los hechos más trascendentales en la vida de la institución educativa. Debe quedar reseñada la forma como se dio su creación, los fundadores, benefactores, fechas y eventos más significativos para la institución. Es común también reseñar las visitas especiales, celebraciones y festividades (…) También pueden dejar plasmado el nombre de los maestros, personal administrativo, docente, directivo docente, padres de familia destacados, estudiantes y demás líderes comunitarios. Señalar también los proyectos institucionales más impactantes en la comunidad, (…) En general, se da cuenta de otros eventos más significativos como premios y certificaciones recibidas, alianzas, convenios, resultados pruebas ICFES y SABER, planes de mejoramiento y otros acontecimientos de importancia”. Para hacer esto, el rector (a) asigna a un docente, la sistematización de dicha información y el cuidado del libro.
